质量控制、进度控制、信息安全控制和成本控制是信息系统工程监理中通常要解决的问题，不过在应用软件开发中出现的知识产权保护问题也越来越受到重视，并列入了北京信息安全测评中心组织编著的《信息系统工程监理》一书中五大IT监理目标之一。北京信息安全测评中心是北京市信息办授权的目前一家对北京信息系统工程监理企业进行资质认证的机构，提出了对质量控制、成本控制、进度控制、信息安全控制、知识产权保护控制问题中的相关原则。
　　质量控制中的原则包括：以施工验收规范、工程质量验收及评审标准为依据，督促承建单位全面实现承建合同约定的质量目标；以质量预控为重点，对工程施工全过程实施质量控制；对工程项目的系统集成、应用系统开发及培训过程进行全面的质量控制，监督承建单位的质量保证体系落实到位；坚持本工序质量不合格或未进行验收签认，下一道工序不得施工，以防止质量隐患。

　　进度控制的三条原则是：以建设工程施工合同所约定的工期目标为依据；在确保工程质量和安全的原则下控制工程进度；采用动态的控制方法对工程进度进行主动控制。

　　成本控制的原则包括：严格执行承建合同中所确定的合同价、单价和约定的工程款支付方法；在报验资料不全、与承建合同的约定不符、未经质量签认或有违约时，监理机构不予审核和计量；工程量和工作量的计算应符合有关的计算规则；处理由于设计变更、合同变更和违约索赔引起的费用增减时，应坚持合理、公正；对有争议的工程量和工程款，应采取协商的方法确定，在协商无效时，由总监理工程师做出决定；对工程量及工程款的审核应在建设工程施工合同所约定的时限内。

　　信息安全控制主要体现在：确保安全需求能真实、准确地反映用户的需求，能降低信息系统的安全风险；确认安全方案能符合有关国家标准和规定，并在其中进行优选；审核安全工程承建方的资格；对系统承建方进行监督、管理，对工程的进度、预算和质量进行控制；组织和审核系统安全的整体测试工作，组织工程的安全验收工作。

　　知识产权保护控制则包括：工程文档的知识产权保护控制，这因为建设单位的需求方案中体现了该单位的管理关键技术和经营秘密；外购软件的知识产权保护控制：监理单位要对建设单位购买的软件效用进行检查，维护工程各方的利益；待开发软件的知识产权保护控制：监理机构应及时提醒建设单位在承建单位在承建合同中明确规定双方的知识产权归属，避免产生不必要的知识产权纠纷。